После ц буквы э, ю, я пишутся, как и после шипящих, только в заимствованных именах, фамилиях и географических наименованиях: Друцэ, Коцюбинский, Цюрих, Цявловский.
В корнях слов после ц преимущественно пишется и (а не ы): аукцион, нарцисс, цивилизация, цигейка, цикл, цикламен, цинга, циркуль, цитата и др.
Исключения: цыган, цыкать, на цыпочках, цыпленок, цып-цып (междометие), цыпки и производные от них цыганочка, цыканье и др.
В ударном слоге в соответствии с произношением после ц пишется о: цокать, цоколь, цокот. В безударном положении о также сохраняется: цокотать, цокотание, цокотуха.
В иноязычных словах в безударном положении пишется как о, так и е: Герцеговина, герцог, герцогиня.